Todos os direitos aduaneiros são calculados numa base ad valorem sobre o valor CIF das mercadorias. Os valores a serem pagos variam entre os 2,5% para matérias-primas e os 20% para os bens de consumo não essenciais. No entanto, a taxa de geral de direitos alfandegários sobre os bens de consumo foi reduzida para 5% pela Lei n.º 3/2007, de 7 de Fevereiro.

Além dos direitos aduaneiros os produtos importados estão também sujeitos ao Imposto Sobre o Valor Acrescentado (IVA) e ao Imposto sobre os Consumos Específicos (ICE). A publicação da Lei n.º 17/2009, de 10 de Setembro e que entrou em vigor a 1 de Janeiro de 2010, veio alterar as taxas aplicadas nas transmissões de bens e prestação de serviços. Assim, foi fixada uma taxa única de 17% para o IVA, e para o ICE é definido um conjunto diversificado de bens a que o mesmo é aplicado, sendo as taxas entre os 15% (ex.: flores, folhagens e frutos artificiais; champôs; bijutarias; moeda sem curso legal; veículos concebidos para se deslocarem na neve, reboque e semi-reboques para habitação ou para acampar e outros veículos de diversa cilindrada) e os 75% (charutos, cigarrilhas e cigarros de tabaco e dos seus sucedâneos). Nas taxas intermédias encontram-se: preparações dos tipos utilizados na alimentação de animais; vestuário, acessórios e artefactos de peles com pelo; produtos de beleza ou de maquilhagem; armas de fogo; e antiguidades (30%); veículos automóveis de transporte de 10 pessoas ou mais (35%); cervejas de malte (41%); pedras preciosas e artefactos de ourivesaria, ouro, platina e obras de metais preciosos (50%); vinho e outras bebidas alcoólicas (55%); aguardentes, licores e outras bebidas espirituosas (65%).

Todos os direitos aduaneiros e taxas incidentes nas importações para Moçambique podem ser consultados na página web da responsabilidade da União Europeia – “Market Access Database / Applied Tariffs Database” – http://madb.europa.eu