O tratamento aduaneiro diz respeito ao conjunto de normas e procedimentos relativos à fiscalização e ao controlo aduaneiro das operações de importação, é efectuado pela Secretaria da Receita Federal do Brasil (SRFB) e envolve os seguintes passos:

a)            Despacho Aduaneiro de Importação – visa verificar a exatidão dos dados declarados pelo importador sobre a mercadoria importada, os documentos apresentados e a legislação aplicável; é processado no SISCOMEX, após a obtenção da habilitação respectiva (no caso de mercadorias de valor igual ou inferior a USD 3.000, doações, mercadorias em regime de admissão temporária, bagagem desacompanhada de viajantes ou operações sem registo no sistema, é efectuado um despacho aduaneiro simplificado). Esta etapa têm ainda alguns casos particulares, tais como a importação de bens por remessa postal ou serviços de Courier, o serviço Importa Fácil para compras de pequeno tamanho e peso reduzido, a importação por conta e ordem de terceiros, a importação por encomenda; destaca-se a importação de amostras, catálogos e material publicitário, para os quais este reservado o regime de admissão temporária (admissão da entrada com suspensão de tributos a bens que permaneçam no país até 1 ano), podendo ser utilizado no caso de exposições culturais, artísticas e científicas, feiras comerciais e industriais, mostruários de representantes comerciais e amostras com valor comercial.

b)           Seleção Parametrizada – após o registo da declaração de importação e iniciado o despacho aduaneiro, a declaração é submetida a análise por parte das autoridades, sendo selecionada para diferentes canais de conferência (de acordo com a regularidade fiscal do importador, a sua habitualidade, a natureza, volume ou valor da importação, o valor dos impostos incidentes, a origem, procedência e destino da mercadoria, o tratamento administrativo e tributário e as características da mercadoria. O SISCOMEX efetuará a seleção entre 4 categorias:

- Canal Verde: não existirá conferência aduaneira e o produto será acompanhado para desembaraço e nacionalização;

- Canal Amarelo: realizar-se-á a conferência dos documentos de instrução e das informações fornecidas pelo importador na respectiva declaração de importação;

- Canal Vermelho: existirá uma conferência física da mercadoria, para além da documental;

- Canal Cinzento: envolve a realização e verificações físicas das mercadorias para conferência do respectivo valor aduaneiro.

c)            Conferência Aduaneira – de acordo com os canais escolhidos;

d)           Desembaraço Aduaneiro – corresponde à liberação da mercadoria para o importador e emissão do comprovante de importação, necessário para confirmar a nacionalização da mercadoria;

e)           Entrega da Mercadoria ao Importador - Após o registo do desembaraço da mercadoria no Siscomex, o importador poderá solicitar a emissão do Comprovante de Importação, sendo que as mercadorias só sairão do recinto alfandegado após a apresentação de alguns documentos (via original do conhecimento de carga, comprovante do recolhimento do ICMS ou da exoneração do pagamento de impostos, nota fiscal de entrada e documentos de identificação da pessoa responsável por levantar as mercadorias).

No caso de mercadoria importada por via marítima, fluvial ou lagos, a autorização para a entrega da mercadoria é condicionada à verificação da regularidade do pagamento ou exoneração do Adicional ao Frete para Renovação da Marinha Mercante, o que ocorre mediante consulta electrónica do Siscomex ao sistema Mercante, do Departamento do Fundo da Marinha Mercante (DEFMM).

f)            Entrega Fracionada – aplicável a importações por via terrestre, desde que as mercadorias, em razão do seu volume ou peso, não possam ser transportadas num único veículo e quando for efectuado o registo de apenas uma declaração para o despacho aduaneiro, correspondente a uma importação e a um único conhecimento de carga. Neste caso, a entrada no território aduaneiro de toda a mercadoria declarada deve ocorrer no prazo de 15 dias úteis após o registo da declaração de importação. Se a totalidade da mercadoria não der entrada neste prazo, a declaração deverá ser rectificada pelo importador para adequá-la à quantidade efetivamente importada sendo o saldo remanescente objecto de uma nova declaração. O desembaraço é registado no SISCOMEX após a chegada e conferência do último lote da mercadoria ou da expiração do prazo referido, após a rectificação da declaração de importação.

g)            Entrega Antecipada - antes de totalmente realizada a conferência aduaneira, em situações de comprovada impossibilidade de sua armazenagem em local alfandegado ou, ainda, em outras situações justificadas, tendo em vista a natureza da mercadoria ou as circunstâncias específicas da operação. A autorização para entrega antecipada da mercadoria pode ser condicionada à sua verificação total ou parcial e à assinatura, pelo importador, de termo de fiel depositário, no qual se comprometerá, ainda, a não utilizar a mercadoria até o seu desembaraço aduaneiro.

h)           Cancelamento da Declaração – com base num requerimento justificado do importador, ou de ofício, o cancelamento da Declaração de Importação pode ser autorizado quando:

- Ficar comprovado que a mercadoria declarada não entrou no País;

- No caso de despacho antecipado, a mercadoria não tenha entrado no País ou tenha sido descarregada em recinto alfandegado distinto do que a declaração de importação mencionava;

- Caso a devolução da mercadoria ao exterior ou a sua destruição, por não atender à legislação de proteção ao meio ambiente, saúde ou segurança pública ou a controlos sanitários, fitossanitários e zoossanitários;

- A importação não corresponder a requisitos para a utilização do tipo de declaração registada e não for possível a sua rectificação;

- Ficar comprovado erro de expedição;

- A declaração de importação for registada com erro relativamente ao número de inscrição do importador no CNPJ ou no CPF ou à unidade da receita federal responsável pelo despacho aduaneiro; ou

- For registada, por equívoco, mais de uma declaração de importação para a mesma carga.

i)             Revisão Aduaneira – corresponde ao apuramento, após o desembaraço aduaneiro, e à regularização do pagamento dos impostos e restantes imposições da Fazenda Nacional, da aplicação de benefício fiscal e da exatidão das informações prestadas pelo importador na declaração de importação. A revisão aduaneira deve estar concluída no prazo de cinco anos, contado da data do registo da declaração. A revisão aduaneira é considerada concluída na data da comunicação, ao interessado, da exigência do crédito tributário apurado.

Merece especial referência a existência de um conjunto de regimes aduaneiros especiais, criados para estimular o desenvolvimento e o crescimento económico do país, e que permitem a entrada de mercadorias no Brasil sem o pagamento dos tributos normalmente aplicáveis. Trata-se de situações de drawback, admissão temporária, entreposto aduaneiro, depósito franco, importação triangular, trânsito aduaneiro, Regime Especial de Entreposto Industrial sob Controlo Informatizado, Repex (aplicável a petróleo bruto e seus derivados), Repetro (bens destinados às atividades de investigação das jazidas de petróleo e de gás), Recom (aplicável às construtoras de automóveis localizadas no Brasil), Zonas de Processamento de Exportação e Zonas Francas.