O tratamento tributário aplicável às importações brasileiras é calculado diretamente no SISCOMEX, sendo as imposições apuradas com base na classificação da mercadoria e no seu valor aduaneiro.

Para que não exista cumulatividade do pagamento de tributos, a legislação brasileira possibilita que o valor do imposto pago no momento da importação gere um crédito em favor do importador, que poderá ser compensado com o imposto devido em operações posteriormente realizadas pelo importador e tributadas com esse imposto. Poderão ser aplicáveis cerca de 9 tributos:

- Imposto de Importação, é variável e suas taxas correspondem à da Tarifa Externa Comum do Mercosul; a base de cálculo do imposto é o valor aduaneiro FOB, acrescido dos valores do frete e seguro internacionais.

- Imposto sobre Produtos Industrializados, de competência federal, é variável, dependendo a taxa das características do produto, sendo inversamente proporcional ao seu grau de essencialidade; a base de cálculo do imposto é o valor aduaneiro FOB, acrescido dos valores do frete e seguro internacionais, e do valor do imposto de importação.

- Programa de Integração Social (PIS) e Contribuição para o Financiamento da Segurança Social (COFINS), correspondem a contribuições de competência federal, para o financiamento da segurança social, visando a atribuição a produtos estrangeiros de tratamento similar ao atribuído a produtos nacionais; a base de cálculo do imposto é o valor aduaneiro FOB, acrescido dos valores do frete e seguro internacionais, e do valor do imposto de importação. Se as taxas aplicáveis a estes impostos são de 1,65% e de 7,6%, respectivamente, a base de cálculo do imposto é o valor aduaneiro FOB, acrescido dos valores do frete e seguro internacionais, e do valor do imposto de importação e do valor do imposto sobre produtos industrializados;

- Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Prestação de Serviços, é um tributo de competência estadual, que incide sobre a movimentação de produtos no mercado interno, designadamente sobre serviços de telecomunicações (ex, serviços de telecomunicações); a taxa varia com o grau de essencialidade do produto, diferindo também entre estados, entre 0 e 25%. Neste caso, a base de cálculo do imposto é o valor aduaneiro FOB, acrescido dos valores do frete e seguro internacionais, do valor do imposto de importação, do valor do imposto sobre produtos industrializados, e do PIS e COFINS já pago.

- CIDE Combustíveis – esta contribuição de intervenção no domínio económico é de competência federal e visa ajustar os preços dos combustíveis, incidindo sobre a importação comercialização de hidrocarbonetos; a base de cálculo é a quantidade comercializada do produto, com um valor fixo em reais por cada unidade comercializada.

- Adicional ao Frete para Renovação da Marinha Mercante – de competência federal, incide sobre o valor do frete internacional e destina-se a fornecer recursos para apoio do governo federal ao desenvolvimento da marinha mercante e da indústria de construção e reparação naval brasileira. Este adicional é calculado através da aplicação de um percentual sobre a remuneração o transporte aquaviário porto-a-porto, incluídas as despesas portuárias e outras despesas incluídas no conhecimento de embarque; no caso da navegação de longo curso, aplica-se 25%.

- Taxa de utilização do SISCOMEX – visa pagar os custos de utilização do sistema integrado de comércio exterior, para registo da declaração de importação, sendo o valor da taxa variável, estando de acordo com o número de classificações da TEC que tiverem sido registadas na declaração

- Despesas diversas – despesas associadas a operações de comércio internacional, tais como serviços de movimentação de mercadorias nos portos, armazenagem, despesas com o licenciamento da importação, despesas com o despachante aduaneiro, transporte interno da mercadoria até ao local da empresa, despesas bancárias com abertura de crédito, etc.

- Ex-tarifários – regime que permite a redução do imposto de importação para 2% por um prazo até 2 anos, desde que não exista produção nacional do equipamento; neste caso é aplicável apenas a importação de bens de capital e de bens de informática e de telecomunicações, sem similares nacionais no mercado e que verão a sua designação acrescentada de BK e BIT, respectivamente.